У 1864 році Кіото сильно постраждав від пожежі, яка сталася внаслідок інциденту біля Імператорських воріт.. Постраждала більша частина міста. 28 тисяч будинків столиці повністю згоріли. 1868 року в країні відбулася реставрація Мейдзі, і новий Імператор оголосив про перенесення столиці Японії в Едо, перейменоване в Токіо.
В результаті реставрації Мейдзі в 1868 відбулося повалення сьогуната і відновлення імператорської влади. 1868 року Імператор Муцухіто переніс столицю в Едо, перейменувавши його в Токіо. Це породило дебати, чи може Кіото, як і раніше, залишатися. столицею.
У зв'язку з переїздом Імператорського двору Кіото втратило свій тисячолітній статус японської столиці.
1868 року Столиця Японії – політичний та адміністративний центр Японії, місцеперебування уряду та інших вищих органів державної влади. З 1868 року до теперішнього часу столицею Японії є Токіо.