Ситуація ускладнювалася тим, що багато хто готовий був прийняти на віру слова лжеспадкоємця престолу. Градус народного невдоволення підвищувався, і Годунів не міг почуватися на троні впевнено. Ці обставини породили чутки про те, що цар зневірився і наклав на себе руки, уникнувши тим самим болісної насильницької смерті.
Виконавцем вбивства став таємно посланий до Москви подьячий Іван Богданов. Щоб уникнути пересудів, народу було оголошено, що Федір та його мати Марія, уроджена Скуратова, отруїлися. Однак на їхніх тілах, виставлених на загальний огляд, видно сліди боротьби і насильницької смерті.
Після арешту патріарха Іова на обійсті Годунових з'явився зі стрільцями Василь Голіцин і наказав вбити Федора; при цьому з ним були князь Мосальський, дяки Молчанов та Шерефедінов.