Контртерористична операція (КТО) на території Чечні була оголошена незабаром після цього, у вересні 1999 року. Активна фаза бойових дій тривала до кінця лютого 2000 року і завершилася зі взяттям федеральними силами під контроль Шатойського району Чечні.
Активна фаза бойових дій тривала з 1999 до 2009 року, потім, у міру встановлення контролю Збройними силами Росії над територією Чечні, перейшла у відання місцевих чеченських сил самоврядування і самооборони. З 0 годин 16 квітня 2009 року режим КТО скасовано.
Війну спочатку проводили під гаслом мінімальних втрат, і до штурму Грозного кількість втрат була відносно невеликою. Згідно з офіційними даними, з 1 жовтня 1999 року до 23 грудня 2002 року загальні втрати федеральних сил (усіх силових структур) у Чечні становили 4572 людини вбитими і 15 549 пораненими.