У природному середовищі існування джунгарські хом’яки розмножуються з березня по вересень, у неволі вони розмножуються цілий рік. У посліді може бути від 1 до 11 дитинчат.
Присутність родичів Наявність в одній клітці самця, а потім ще й дітей, може змусити самку нервувати. Вона стає дуже агресивною і здатна загризти спочатку дорослу особину, а після взятися за дитинчат. Ці тварини підуть на все, аби відстояти свою територію.
Розмноження У природі дуже плідні, приносять на рік 2-4 посліди. Вагітність триває від 15 до 22 днів, у виводку від 1 до 18 дитинчат, які досягають статевої зрілості вже на 6-8 тиждень. Тривалість життя в природі 1-2 роки, у неволі – близько 3 років.
Вагітність самки хом’ячка триває в середньому 14-19 днів, а у джунгарських хом’ячків тривалість вагітності може сягати і 30 днів. На 10-й день проявляються наочні ознаки вагітності, саме з цього моменту починається стрімке зростання ваги самочки.