Найбільш типові хвороби породи мейн–кун – патології опорно-рухового апарату. Деякі їх передаються потомству від батьків. Спинально-м'язова атрофія – серйозна спадкова патологія, коли гинуть клітини спинного мозку, і спостерігається м'язова слабкість.
12,5 років дозволяє зробити висновок про середню тривалість життя мейн–кунів: 12,5 років і більше (74% врахованих тварин цієї породи; понад половина – 54% – прожили 16,5 років і більше).
Можливі захворювання кішок породи мейн–кун Вони генетично схильні до порушень функції серцевого м'яза – кардіоміопатії. Також мейн-Куни схильні до розвитку сечокам'яної хвороби та порушення розвитку суглобів -дисплазії тазостегнового суглоба.