Приводом для розбіжностей є питання належності Нагірного Карабаху. Пакистан підтримував територіальну цілісність Азербайджану як під час, так і після карабахської війни. Також Пакистан не визнає геноциду вірмен 1915 року. Пакистан визнав Ходжалінську різанину.
Вірменія підтримує дружні стосунки як з Росією та Іраном, так і з країнами Заходу, зокрема з країнами Європейського Союзу та Сполученими Штатами Америки.
Пакистан та Азербайджан підтримують добрі відносини, що характеризуються спільними поглядами з основних глобальних та регіональних питань. Обидві держави характеризують свої дипломатичні відносини як «дружні та братерські». Пакистан був однією з перших країн, які визнали Азербайджан 1991 року, 12 грудня.