Хлорпротиксен визначається у жовчі, що свідчить про наявність кишково-печінкової циркуляції препарату. Метаболіти хлорпротиксену позбавлені нейролептичної активності. Виведення Період напіввиведення становить близько 16 годин (діапазон 4-33 години).
При прийомі внутрішньо швидко всмоктується. Дія настає через 20 хв. Піддається пресистемному метаболізму (у стінках кишечнику та печінці); через ефект “першого проходження” плазмові концентрації завжди нижчі, ніж при в/м введенні. Проникає через плацентарний бар’єр і в грудне молоко.
Хлорпротиксен є нейролептиком, похідним тіоксантену. Чинить антипсихотичну, виражену седативну та помірну антидепресивну дію. Антипсихотичну дію нейролептиків пов’язують із блокадою дофамінових рецепторів, а також, можливо, блокадою 5-НТ (5-гідрокситриптамінових) рецепторів.