T1/2 варіює, але зазвичай становить близько однієї доби (16-24 год). Близько 64% екскретується із сечею у вигляді метаболітів, менше 2% – у незміненому стані; решта виводиться з калом (імовірно, потрапляючи до нього з жовчю) у вигляді метаболітів, менше 1% – у незміненому стані.
При одноразовому прийомі 20-50 мг пароксетину максимальна концентрація у плазмі досягається через 5 годин; стійка концентрація при щоденному застосуванні – через 1-2 тижні. Препарат метаболізується у печінці; активні метаболіти при цьому відсутні.
Паксил не слід призначати одночасно з інгібіторами МАО, включаючи лінезолід – антибіотик, що є оборотним неселективним інгібітором МАО, і метилтіоніном (метиленовий синій), і не раніше ніж через 2 тиж після припинення лікування інгібіторами МАО (див. ВЗАЄМОДІЯ).