Сюжет Артем продовжує свою небезпечну подорож Великою Бібліотекою, спустившись у її книгосховище. Там йому зустрічаються бібліотекарі (за сюжетом будівля кишить бібліотекарями, але насправді модельок цих мутантів всього-то кілька, 4-5 штук, але кожен підходить до Артема не раз, перестрибуючи з поверху на поверх).
Крім того, бібліотекаря можна легко вбити метальними ножами; головне – цілитися в голову. Не менш ефективні й гранати-їжаки, а однієї запалювальної гранати при точному влучанні достатньо, щоб убити бібліотекаря на місці.
Сюжетна лінія гри складається з семи розділів, у яких головному герою доведеться зустрітися зі старими друзями і новими небезпечними ворогами. Він побуває в добре знайомих локаціях і потрапить туди, де раніше ще не був. Згідно з порядком проходження гри Metro 2033: Redux, її потрібно почати з прологу.
У 2035 році мутанти практично повністю зникли з поверхні Москви, їхня кількість у Московському метрополітені також сильно скоротилася (згідно з романом “Метро 2035”) через значне підвищення радіаційного фону.