Вірус загалом доволі чутливий до факторів зовнішнього середовища – він доволі швидко гине під час нагрівання до 60 С протягом 10-20 хвилин, під час кип’ятіння – через 2 хвилини. Швидко руйнується під дією дезінфектантів. У молоці та молочних продуктах зберігається до 2 місяців.
Люди і тварини заражаються енцефалітом через укуси іксодових кліщів. Кліщ – переносник вірусу кліщового енцефаліту. Ixodes persulcatus, самка. Носіями вірусу за статистикою є шість кліщів зі ста (водночас захворіти від зараженої особини можуть від 2 до 6% укушених людей) залежно від регіону.
Як протікає кліщовий енцефаліт Здебільшого він вражає нервову тканину. Інкубаційний період при зараженні через укус кліща триває 5 – 25 днів, у середньому 1 – 2 тижні. При харчовому зараженні він скорочується до 3 днів. Хоча є випадки, коли інкубаційний період становив 1 день або навіть 40 днів.