Суворий клімат, убогість грунтів, феодальна система землеробства унеможливлювали створення таких запасів зерна, які б забезпечити країну продовольством за умов трирічного неврожаю.
Безпосередній початок Великого голоду був спровоковано холодним неврожайним літом 1601 року. 10-12 тижнів йшли дощі, за якими пішли ранні холоди. Селяни зібрали хліб незрілим, що спричинило погіршення якості насіння. Озимі сходи були знищені сильними морозами весни 1602 року.
Голод став стихати лише до 1604 року, коли Борис Годунов здогадався почати скуповувати хліб у віддалених областях Росії, де його вистачало, і продавати потім за половинну вартість у Москві та ін.
Борис тимчасово частково відновив Юр'єв день. Він дозволив дрібним служивим людям вивозити селян, рятуючи свої маєтки від остаточного руйнування. Здобули свободу холопи, господарі яких не годували їх у голодний час. Але ці заходи не могли заспокоїти країну.