Неповне зчеплення генів спостерігається, якщо гени розташовані в хромосомі далеко один від одного. При схрещуванні дигетерозиготи та рецесивної гомозиготи виходить 4 класи різних фенотипів.
Морган дійшов висновку, що зчеплення може бути неповним. Воно порушується внаслідок кросинговеру — обміну ділянками між гомологічними хромосомами. У профазі I мейозу відбувається кон'югація гомологічних хромосом. Хромосоми зближуються, а потім починають розходитися і утворюють перехрести (хіазми).
Причина порушення зчеплення – Кросинговер (перехрест хромосом) – обмін ділянками хромосом в профазі I мейотичного поділу. Кросинговер призводить до генетичної рекомбінації. Чим далі один від одного розташовані гени, тим частіше між ними відбувається кросинговер.
Повне зчеплення трапляється рідко, зазвичай – неповне, через вплив кросинговера (перехрещення та обміну ділянками гомологічних хромосом у процесі мейозу). Тобто гени однієї хромосоми переходять в іншу, гомологічну їй. Частота кросинговера залежить від відстані між генами.